Els dits del riu i els de la mar, jugant amb la sorra i les onades, van modelar una gran bassa fins a donar-li forma d'ampolla. Amb aquest nom es va donar a conèixer la petita població marinera que va anar creixent prop de l'antiga desembocadura del riu.

Els orígens de la vila es remunten a l'època ibèrica. Els historiadors situen l'Ampolla a la ciutat hel·lènica de Lebedontia, habitada per la tribu íbera dels edentants o erdets. S'han trobat vestigis de l'època romana i pre-romana que confirmen l'antiguitat de les arrels de la vila, com monedes, àmfores i antefixes (elements de fang cuit en forma de dona).

La història de l'Ampolla està estretament vinculada a la pesca i al trànsit marítim. De fet, a mitjan segle XVI el Papa Adrià va embarcar-hi per dirigir-se a Roma. Al darrer terç del segle XIX, el progrés va començar a vertebrar el litoral espanyol i va acostar per tant l'Ampolla a les grans ciutats catalanes. El 1867 es va construir l'estació de ferrocarril de l'Ampolla, i el primer tren va circular el 8 de maig d'aquell mateix any.

En els seus primers orígens, l'Ampolla havia estat un antic hostal del camí ral de Tarragona a València. Segons antics documents, al segle XVI diverses famílies de pescadors ja habitaven aquest indret. A les darreries del XIX, les platges del poble van començar a ser molt apreciades per prendre-hi banys de mar; tant, que hi va arribar a haver un tren especial per als banyistes, que unia Tortosa amb l'Ampolla.

Els grans esdeveniments de la història han tingut també incidència en la història de la vila. L'any 1.917, en el context de la Ia Guerra Mundial, el vaixell Maxsherda fou enfonsat per un submarí alemany. Com a mostra d'agraïment pel suport als nàufrags, el govern francès va regalar al poble una estàtua de bronze.

Tanmateix, durant el segle XX, el principal episodi històric de l'Ampolla fou la lluita per la segregació. El 16 de gener de 1.937, el Diari Oficial de la Generalitat va publicar un decret en el qual disposava la segregació de la barriada de l'Ampolla del terme del Perelló, per tal de constituir-se en municipi independent. L'any 1.938, l'aprovació del Decret de Burgos va derogar tota activitat del govern republicà, i amb ella, va paralitzar el decret pel qual es disposava la segregació de l'Ampolla.

Després del període franquista es va donar un nou impuls a la voluntat segregacionista de la vila de l'Ampolla. El 1.976 es va formar la Junta de Segregació, que l'any 1.980 va aconseguir l'inici del procés de segregació per via judicial. De totes maneres, no va ser fins el 15 de novembre de 1.989 que el Tribunal Suprem es va manifestar favorable a la creació del nou terme municipal de l'Ampolla. Tres mesos més tard, el 28 de febrer de 1.990, amb una nova sentència del Tribunal Suprem, es va concloure el procés d'autogestió del poble de l'Ampolla com a municipi de Catalunya, constituint-se l'Ajuntament el dia 5 de maig de 1.990.